A função da Mesa da Consciência e Ordens era de examinar tudo o que dissesse respeito a rede eclesiástica tanto em Portugal como nos domínios ultramarinos. Estabeleceu-se no Rio de Janeiro, pelo alvará de 22 de abril de 1808, passou a tratar dos assuntos relativos às suas atribuições, em especial, para efeito deste trabalho, no tocante ao clero e ao culto, até sua extinção em 1828. Os assuntos tratados pela Mesa foram distribuídos pelas seguintes categorias: Ausentes (111); Benefícios (328); Cargos (70); Clérigos/Padres (257); Côngrua – pensão que se dava aos párocos para sua conveniente sustentação (334); Ereções – criação de Freguesias (185); Expectativas (48); Herança (41); Honras (67); Igrejas (165); Irmandades (40); Jubilamentos (15); Licenças e Dispensas (49); Óbitos (159); Ordenados (26); Permutas e Translações (56); Provisões (1.137) e Renúncias (11). A documentação existente no APESC trata-se de cópias fotográficas de documentos existentes no Arquivo Nacional do Rio de Janeiro – Seção Histórica. São fotografias medindo 18,5cm x 24cm, divididas em duas coleções uma em negativo e a outra em positivo.